Niedertemperaturbrennstoffzellen arbeiten bei Temperaturen zwischen 0 °C und 100 °C. Dies ist insbesondere für den Betrieb in Elektroautos von Vorteil, da direkt gestartet werden kann, ohne erst die Brennstoffzelle aufheizen zu müssen.

Nachteilig ist, dass Niedertemperaturbrennstoffzellen in der Regel einen Katalysator benötigen, die auf teuren Metallen wie z. B. Platin basieren. Das erhöht die Herstellungskosten erheblich.
Bei stationären Anlagen ist es häufig nachteilig, dass die Abwärme auf einem niedrigen Temperaturniveau entsteht. Die Nutzungsmöglichkeiten werden dadurch stark beschränkt. Selbst wenn keine Abwärmenutzung vorgesehen ist, ist die niedrige Arbeitstemperatur oft ungünstig, weil der Aufwand zur Kühlung dadurch höher wird.